Osim tog, bilo je još teških momenata u reprezentativnoj karijeri. Još 2008. godine je Misimović najavio povlačenje iz ličnih razloga, ali se predomislio nakon razgovora sa selektorom Mehom Kodrom.
Godinu dana kasnije, “sijevale su iskre” na relaciji Zvjezdan Misimović – selektor Miroslav Blažević nakon poraza u dvomeču baraža za SP 2010. protiv Portugala, a i danas se prepričava “mitraljez” iz 2011. godine, kojim je Misimović “pucao” na selektora Safeta Sušića nakon pogotka za pobjedu protiv Bjelorusije u kvalifikacijama za prvenstvo Evrope 2012. godine…
“Znate kako, u fudbalu uvijek ima igranki i spinova, bude tu svašta. Možda sam malo i naivno nasjedao na neke stvari. Što se tiče Ćire, on je mene optužio da sam prodao utakmicu Miloradu Dodiku i Republici Srpskoj i dobio poslovni prostor u Banjaluci, što su gluposti. Ja sam morao čak snimak slati, bio je na naslovnici Avaza, da potvrdim da nisam bio u stanju da igram. Dosta ljudi voli svoj neuspjeh da prebaci na druge, traže alibi, ali nikad nisam bio takav i neću biti”, kategoričan je Misimović, koji smatra da je u pravo vrijeme stavio tačku na priču zvanu reprezentacija BiH.
“Pa kad se vidi kakvi su rezultati bili poslije i šta se sve izdešavalo, mislim da sam se oprostio na vrhuncu, kad je riječ o reprezentativnoj karijeri. Smatram da je taj potez bio ispravan. Nisam kao neki što sad ganjaju neke lične interese, ili da skupi 100 utakmica, ili postigne još koji gol.”
Mondo.ba