Muharem Trako je prošao omladinsku školu fudbala u FK Rudar i FK Mladost, nakon čega se pridružio akademiji FK Sarajevo.
U juniorskom timu pod vodstvom trenera Dženana Uščuplića proveo je dvije sezone, gdje je pokazao izuzetan potencijal.
Sa 17 godina dobio je priliku da se priključi prvom timu FK Sarajevo i pod vodstvom šefa stručnog štaba Gorana Sablića debitovao je u gradskom derbiju. U dresu FK Sarajevo upisao je ukupno 36 zvaničnih nastupa.
Nakon perioda u FK Sarajevo, Muharem je šest mjeseci proveo u makedonskom FK Sileks, nakon čega je prešao na posudbu u Tuzla City, a od danas je i zvanično igrač Stupčanice.
